Согласно данным Министерства природы Башкирии, в регионе расположено множество особо охраняемых природных территорий, которые имеют федеральное, республиканское и местное значение. Среди них выделяются такие уникальные объекты, как национальный парк «Башкирия», три заповедника: «Южно-Уральский», «Шульган-Таш» и «Башкирский». Кроме того, в республике функционируют пять природных парков - «Иремель», «Кандры-Куль», «Аслы-Куль», «Мурадымовское ущелье» и «Зилим», зарегистрировано 27 заказников и 179 памятников природы.
На территории национального парка «Башкирия» произрастает 765 видов растений. Среди них особое внимание заслуживают 50 редких и исчезающих видов, занесённых в Красную книгу как Башкирии, так и России. Эти природные богатства подчеркивают важность сохранения экосистемы региона и необходимость бережного отношения к окружающей среде.